Ekaterina werd door veiligheidsagenten in Perm, samen met een groep gevangenen, als gijzelaar vermoord in de nacht van 3 op 4 september 1918, in de irrigatievelden ( rioolwatervelden ) aan de 5e verst van de Siberische snelweg. Op 3 september 1918 werd een groep gevangenen (6 vrouwen en 5 mannen) met hun bezittingen verzameld in het gevangeniskantoor. Waar ze vandaan kwamen, onder begeleiding van soldaten van het Rode Leger onder leiding van een commandant gekleed in een matrozenuniform, werden uit de gevangenis gehaald en door de stromende regen geleid, eerst door de stad en vervolgens langs de Siberische snelweg. Alle gearresteerden hadden hun eigen spullen bij zich, maar nadat ze zo’n zes kilometer langs de snelweg hadden gelopen en de snelweg hadden afgeslagen richting de rioleringsvelden, begonnen de bewakers plotseling vriendelijk aan te bieden spullen te dragen – blijkbaar probeerde elk van hen de spullen van de gearresteerden in beslag te nemen. zodat ze deze later niet met anderen hoefden te delen. De gevangenen werden naar een wal geleid die twee velden met rioolwater scheidde, met hun rug naar de bewakers geplaatst en van dichtbij neergeschoten of, munitie sparend, gedood met slagen op het hoofd met geweerkolven. De lijken van de doden werden in sloten van de irrigatievelden gegooid, en slechts licht bedekt met aarde.
Zoals het onder de macht van de Russische regering van Kolchak uitgevoerde onderzoek bleek, werd Ekaterina Schneider, na het opgraven van de lichamen van de gedode gijzelaars, gedood met een schot in het hart en een harde klap met een kolf tegen het achterhoofd.
Op 16 mei 1919 werd het lichaam van Ekaterina Schneider volgens christelijke riten herbegraven in een houten gemeenschappelijke crypte op de orthodoxe begraafplaats New All Saints (Egoshikhinsky). Na de definitieve vestiging van de bolsjewistische macht in de regio werden de graven van de gedode gijzelaars met de grond gelijk gemaakt; hun locatie kan slechts bij benadering worden aangegeven.