De Romanovs werden in strikte isolatie vastgehouden in het Ipatiev-huis. Het was hen verboden een andere taal dan Russisch te spreken en ze kregen geen toegang tot hun bagage, die was opgeslagen in een pakhuis op de binnenplaats. Hun Brownie-camera’s en fotoapparatuur werden in beslag genomen. De bedienden kregen de opdracht de Romanovs alleen met hun namen en patroniemen aan te spreken. De keizerlijke familie werd onderworpen aan regelmatige huiszoekingen van hun bezittingen, inbeslagname van hun geld voor “bewaring door de penningmeester van de regionale Sovjet van de Oeral”, en pogingen om de gouden armbanden van Alexandra en haar dochters van hun polsen te verwijderen. Het huis was omgeven door een vier meter hoge dubbele palissade die het zicht op de straten vanuit het huis belemmerde. Het oorspronkelijke hek omsloot de tuin langs Voznesensky Lane. Op 5 juni werd een tweede palissade opgetrokken, hoger en langer dan de eerste, die het pand volledig omsloot. De tweede palissade werd gebouwd nadat bekend was dat voorbijgangers de benen van Nicholas konden zien toen hij de dubbele schommel in de tuin gebruikte.
De ramen in alle kamers van het gezin waren dichtgemaakt en bedekt met kranten (later op 15 mei met witkalk geverfd). Hun enige ventilatiebron was een fortochka in de slaapkamer van de groothertoginnen, maar eruit gluren was ten strengste verboden; in mei vuurde een schildwacht een schot af op Anastasia toen ze naar buiten keek. Nadat de Romanovs herhaalde verzoeken hadden ingediend, werd op 23 juni 1918 een van de twee ramen in de hoekslaapkamer van de tsaar en tsarina ontgrendeld. De bewakers kregen de opdracht hun toezicht dienovereenkomstig te vergroten, en de gevangenen werden gewaarschuwd niet te kijken uit het raam of probeer een signaal te geven aan iemand buiten, anders zou die voor straf neergeschoten te worden. Vanuit dit raam konden ze alleen de torenspits van de Voznesenski-kathedraal aan de overkant van het huis zien. Op 11 juli werd een ijzeren rooster geïnstalleerd, nadat Alexandra herhaalde waarschuwingen van de commandant, Yakov Yurovsky, had genegeerd om niet te dicht bij het open raam te gaan staan.
De wachtcommandant en zijn senior assistenten hadden op elk moment volledige toegang tot alle kamers van het gezin. De gevangenen moesten elke keer dat ze hun kamers wilden verlaten om de badkamer en het toilet op de overloop te gebruiken, een bel luiden. De gevangenen kregen een strikte rantsoenering van de watervoorziening opgelegd nadat de bewakers klaagden dat deze regelmatig opraakte. Recreatie was slechts tweemaal per dag toegestaan in de tuin, een half uur ’s ochtends en ’s middags. De gevangenen kregen het bevel om met geen van de bewakers in gesprek te gaan. De rantsoenen bestonden voornamelijk uit thee en zwart brood als ontbijt, en koteletten of soep met vlees als lunch; de gevangenen kregen te horen dat “ze niet langer als tsaren mochten leven”. Half juni brachten nonnen van het Novo-Tikhvinsky-klooster het gezin ook dagelijks eten, waarvan de ontvoerders het meeste meenamen toen het arriveerde. Het gezin mocht geen bezoek ontvangen en geen brieven ontvangen en versturen. Prinses Helena van Servië bezocht het huis in juni, maar werd door de bewakers onder schot de toegang geweigerd, terwijl de regelmatige bezoeken van dr. Vladimir Derevenko om Alexei te behandelen werden ingeperkt toen Yurovsky commandant werd. Excursies naar de goddelijke liturgie in de nabijgelegen kerk waren niet toegestaan. Begin juni ontving de familie hun dagbladen niet meer.
Om een gevoel van normaliteit te behouden, logen de bolsjewieken op 13 juli 1918 tegen de Romanovs dat twee van hun loyale dienaren, Klementy Nagorny (Alexei’s matrozenmeisje) en Ivan Dmitrievich Sednev ( OTMA ’s lakei; Leonid Sednevs oom ), “was uit deze regering gestuurd” (dwz buiten de jurisdictie van de provincie Jekaterinenburg en Perm). In feite waren beide mannen al dood: nadat de bolsjewieken hen in mei uit het Ipatiev-huis hadden verwijderd, waren ze op 6 juli samen met een groep andere gijzelaars door de Tsjeka neergeschoten, als vergelding voor de dood van Ivan Malyshev, voorzitter van het regionale comité van de Oeral van de bolsjewistische partij, vermoord door de blanken. Op 14 juli hielden een priester en diaken een liturgie voor de Romanovs. De volgende ochtend werden vier dienstmeisjes ingehuurd om de vloeren van het Popov-huis en het Ipatiev-huis te wassen; zij waren de laatste burgers die het gezin levend zagen. Bij beide gelegenheden kregen ze strikte instructies om niet in gesprek te gaan met de familie. Yurovsky hield altijd de wacht tijdens de liturgie en terwijl de dienstmeisjes met het gezin de slaapkamers aan het schoonmaken waren.
De zestien mannen van de interne garde sliepen tijdens hun diensten in de kelder, de gang en het kantoor van de commandant. De externe bewaker, onder leiding van Pavel Medvedev, telde 56 personen en nam het tegenoverliggende Popov-huis over. De bewakers mochten vrouwen binnenbrengen voor seks- en drinksessies in het Popov-huis en de kelderkamers van het Ipatiev-huis. Er waren vier machinegeweeropstellingen: één in de klokkentoren van de Voznesenski – kathedraal gericht op het huis; een tweede in het kelderraam van het Ipatiev-huis aan de straatkant; een derde bewaakt het balkon met uitzicht op de tuin aan de achterkant van het huis; en een vierde op de zolder met uitzicht op het kruispunt, direct boven de slaapkamer van de tsaar en tsarina. In en rond het Ipatiev-huis bevonden zich tien wachtposten, en aan de buitenkant werd dag en nacht twee keer per uur gepatrouilleerd. Begin mei verplaatsten de bewakers de piano van de eetkamer, waar de gevangenen op konden spelen, naar het kantoor van de commandant naast de slaapkamers van de Romanovs. De bewakers speelden piano, terwijl ze Russische revolutionaire liederen zongen en dronken en roken. Ze luisterden ook naar de platen van de Romanovs op de in beslag genomen grammofoon. Het toilet op de overloop werd ook gebruikt door de bewakers, die politieke leuzen en grove graffiti op de muren krabbelden. Het aantal bewakers van het Ipatiev Huis bedroeg in totaal 300 op het moment dat de keizerlijke familie werd vermoord.
Toen Yurovsky op 4 juli Aleksandr Avdeev verving, verplaatste hij de oude leden van de interne garde naar het Popov-huis. De senior assistenten werden vastgehouden, maar werden aangewezen om de gang te bewaken en hadden niet langer toegang tot de kamers van de Romanovs; alleen de mannen van Yurovsky hadden het. De plaatselijke Cheka koos op verzoek van Yurovsky vervangers uit de vrijwilligersbataljons van de Verkh-Isetsk-fabriek. Hij wilde toegewijde bolsjewieken op wie men kon vertrouwen en die alles zouden doen wat er van hen werd gevraagd. Ze werden aangenomen met dien verstande dat ze bereid zouden zijn om, indien nodig, de tsaar te vermoorden, waarover ze geheimhouding hadden gezworen. Er werd in dat stadium niets gezegd over het vermoorden van de familie of bedienden. Om een herhaling van de verbroedering onder Avdejev te voorkomen, koos Joerovski vooral buitenlanders. Nicholas merkte op 8 juli in zijn dagboek op dat “nieuwe Letten de wacht houden”, en beschreef hen als Letts – een term die in Rusland vaak wordt gebruikt om iemand te classificeren als van Europese, niet-Russische afkomst. De leider van de nieuwe bewakers was Adolf Lepa, een Litouwer .
Half juli 1918 naderden troepen van het Tsjechoslowaakse Legioen Jekaterinenburg om de Trans-Siberische spoorlijn, waarover zij de controle hadden, te beschermen. Volgens historicus David Bullock raakten de bolsjewieken, die ten onrechte geloofden dat de Tsjechoslowaken op een missie waren om het gezin te redden, in paniek en executeerden hun afdelingen. De legioenen arriveerden minder dan een week later en veroverden op 25 juli de stad.
Tijdens de gevangenschap van de keizerlijke familie eind juni gaven Pjotr Vojkov en Alexander Beloborodov, president van de regionale Sovjet van de Oeral, leiding aan de smokkel van in het Frans geschreven brieven naar het Ipatiev-huis. Deze beweerden afkomstig te zijn van een monarchistische officier die het gezin wilde redden, maar waren samengesteld in opdracht van de Cheka. Deze verzonnen brieven, samen met de Romanov-reacties daarop (geschreven op lege plekken of op de enveloppen), gaven het Centraal Uitvoerend Comité (CEC) in Moskou verdere rechtvaardiging om de keizerlijke familie te ‘liquideren’. Yurovsky merkte later op dat Nicholaas, door op de vervalste brieven te reageren, “in een overhaast plan van ons was gevallen om hem in de val te lokken”. Op 13 juli vond aan de overkant van het Ipatiev-huis een demonstratie van soldaten van het Rode Leger, sociaal-revolutionairen en anarchisten plaats op het Voznesenski-plein, waarbij het ontslag van de Sovjet van Jekaterinenburg en de overdracht van de controle over de stad aan hen werd geëist. Deze opstand werd met geweld onderdrukt door een detachement Rode Garde onder leiding van Peter Ermakov, dat het vuur opende op de demonstranten, allemaal binnen gehoorsafstand van het slaapkamerraam van de tsaar en tsarina. De autoriteiten exploiteerden het incident als een door monarchisten geleide opstand die de veiligheid van de gevangenen in het Ipatiev-huis in gevaar bracht.
‘Wij vinden deze man steeds minder leuk.’
– Dagboekaantekening van tsaar Nicolaas II, verwijzend naar de voortdurende aanscherping van de beperkingen voor zijn gezin door Yurovsky.
