Alexandra wendde zich tot de Russische artsen, maar deze konden haar niet helpen. Ze was wanhopig en zocht naar hulp in het mystieke circuit. Op die manier kwam ze in contact met de gebedsgenezer Grigori Raspoetin. Hij beloofde de tsarina haar zoon te genezen en zij geloofde dat maar al te graag. Op onverklaarbare wijze boekte Raspoetin inderdaad vooruitgang; hij wist de tsarevitsj een aantal keer te genezen. Zo wist Raspoetin Alexandra’s vertrouwen te winnen en vergaarde hij via haar veel politieke macht. Omdat het volk niets van Aleksejs ziekte wist, stonden zij zeer wantrouwend tegenover de relatie van Raspoetin en Alexandra, en kreeg de gebedsgenezer een slechte reputatie.
De uitbraak van de Eerste Wereldoorlog was voor het gezin van de tsaar, en dan vooral voor Alexandra, een grote schok. Alexandra’s broer Ernst Lodewijk van Hessen-Darmstadt was namelijk een Duitse groothertog, waardoor broer en zus recht tegenover elkaar stonden in deze oorlog. Ook was Alexandra verwant aan de Duitse keizer, Wilhelm II. Deze situatie deed Alexandra’s reputatie ook geen goed en de wildste verhalen deden de ronden; zo zou Alexandra collaboreren met de Duitsers en voor hen spioneren aan het Russische hof. Het tegendeel was waar; de tsarina en haar twee oudste dochters zetten zich in voor verschillende ziekenhuizen en veldhospitalen, en behaalden daarvoor een zusterdiploma.
Toen de tsaar in 1915 naar het front ging, stond Alexandra aan het hoofd van de regering. Ze wist zich echter geen raad met die macht en ging vooral af op de adviezen van Raspoetin, tot ongenoegen van het volk. De burgers waren er heilig van overtuigd dat de relatie tussen Alexandra en Raspoetin puur seksueel was. De adel wist wel beter, maar was ook niet blij met de macht van de gebedsgenezer. Nadat Alexandra vele malen was verzocht haar banden met Raspoetin te verbreken, werd hij in 1916 vermoord door prins Felix Joesoepov (gehuwd met een nicht van de tsaar) en groothertog Dimitri Pavlovitsj (een kleinzoon van tsaar Alexander II).