Die zomer leidde de mislukking van het Kerenski-offensief tegen de Oostenrijks-Hongaarse en Duitse troepen in Galicië tot anti-regeringsrellen in Petrograd, bekend als de Julidagen. De regering vreesde dat verdere ongeregeldheden in de stad Tsarskoje Selo gemakkelijk zouden kunnen bereiken en er werd besloten de keizerlijke familie naar een veiliger locatie te verplaatsen. Alexander Kerenski, die het roer had overgenomen als premier, koos de stad Tobolsk in West-Siberië, omdat deze afgelegen lag van welke grote stad dan ook en 240 km verwijderd was van het dichtstbijzijnde treinstation. Sommige bronnen stellen dat het de bedoeling was om het gezin in het voorjaar van 1918 via Japan naar het buitenland te sturen, maar recenter werk suggereert dat dit slechts een bolsjewistisch gerucht was. De familie verliet het Alexanderpaleis laat op 13 augustus, bereikte Tyumen vier dagen later per spoor en bereikte vervolgens met twee rivierveerboten uiteindelijk Tobolsk op 19 augustus. Daar woonden ze met veel comfort in het voormalige gouverneurshuis. In oktober 1917 grepen de bolsjewieken echter de macht van Kerenski’s Voorlopige Regering; Nicholas volgde de gebeurtenissen in oktober met interesse, maar nog niet met schrik. Boris Solovjev, de echtgenoot van Maria Raspoetin, probeerde samen met monarchale facties een reddingsactie te organiseren, maar dat liep op niets uit. Er gaan geruchten rond dat Solovjev voor de bolsjewieken of de Duitsers werkte, of voor beide. Afzonderlijke voorbereidingen voor een redding door Nikolai Yevgenyevich Markov werden gefrustreerd door de ineffectieve activiteiten van Solovjev. Nicolaas bleef het belang van Lenin onderschatten. Ondertussen hielden hij en zijn gezin zich bezig met het lezen van boeken, sporten en spelletjes spelen; Nicholaas genoot vooral van het hakken van brandhout. In januari 1918 werd het comité van het wachtdetachement echter assertiever, waardoor de uren die het gezin op het terrein kon doorbrengen werd beperkt en hen werd verboden om op zondag naar de kerk te lopen, zoals ze sinds oktober hadden gedaan. Bij een later incident scheurden de soldaten de epauletten van Kobylinsky’s uniform, en hij vroeg Nicholaas zijn uniform niet buiten te dragen uit angst een soortgelijke gebeurtenis uit te lokken.
In februari 1918 kondigde de Raad van Volkscommissarissen (afgekort tot “Sovnarkom”) in Moskou, de nieuwe hoofdstad, aan dat de staatssubsidie voor het gezin vanaf 1 maart drastisch zou worden verlaagd. Dit betekende dat hij afscheid moest nemen van twaalf toegewijde bedienden en dat hij boter en koffie als luxe moest opgeven, ook al vulde Nicholaas het geld uit eigen middelen aan. Nicholaas en Alexandra waren geschokt door het nieuws over het Verdrag van Brest-Litovsk, waarbij Rusland ermee instemde Polen, Finland, de Baltische staten, het grootste deel van Wit-Rusland, Oekraïne, de Krim, het grootste deel van de Kaukasus en kleine delen van de Kaukasus op te geven. Rusland zelf, inclusief gebieden rond Pskov en Rostov aan de Don. Wat de familie vrolijk hield, was het geloof dat er hulp nabij was. De Romanovs geloofden dat er verschillende complotten gaande waren om hen uit hun gevangenschap te bevrijden en in veiligheid te brengen. De westerse geallieerden verloren hun interesse in het lot van de Romanovs nadat Rusland de oorlog had verlaten. De Duitse regering wilde dat de monarchie in Rusland zou worden hersteld om de bolsjewieken te verpletteren en goede betrekkingen met de Centrale Mogendheden te onderhouden.
De situatie in Tobolsk veranderde op 26 maart in een verslechtering, toen 250 slecht gedisciplineerde Rode Garde arriveerden vanuit de regionale hoofdstad Omsk. Om niet achter te blijven stuurde de Sovjet-Unie naar Jekaterinenburg, de hoofdstad van de aangrenzende Oeral-regio, 400 Rode Garde om hun invloed op de stad uit te oefenen. Verstoringen tussen deze rivaliserende groepen en het gebrek aan geld om het wachtdetachement te betalen, zorgden ervoor dat ze een delegatie naar Moskou stuurden om hun zaak te bepleiten. Het resultaat was dat Sovnarkom een eigen commissaris aanstelde om de leiding over Tobolsk over te nemen en de Romanovs naar Jekaterinenburg te brengen, met de bedoeling Nicholaas uiteindelijk voor een showproces in Moskou te brengen. De geselecteerde man was Vasily Yakovlev, een veteraan bolsjewiek. Terwijl hij onderweg een groep loyale mannen rekruteerde, arriveerde Yakovlev op 22 april in Tobolsk; hij legde zijn gezag op aan de concurrerende facties van de Rode Garde, betaalde en demobiliseerde het gardedetachement, en legde verdere beperkingen op aan de Romanovs. De volgende dag informeerde Yakovlev Kobylinsky dat Nicholaas naar Jekaterinenburg zou worden overgebracht. Alexei was te ziek om te reizen, dus koos Alexandra ervoor om samen met Maria met Nicholaas mee te gaan, terwijl de andere dochters in Tobolsk zouden blijven totdat ze de reis konden maken.
