Pierre Gilliard en zijn metgezellen verlaten enige tijd later Jekaterinenburg naar Tyumen. Pierre Gilliard werd daar bij zijn aankomst gearresteerd, maar werd kort daarna vrijgelaten. 20 juli 1918, grijpen de Tsjechen Tyumen in. Pierre Gilliard kwam toen uit zijn schuilplaats en ontdekte een officieel persbericht op de stadsmuren:
“Het doodvonnis tegen de ex-tsaar Nicolas Romanov werd uitgevoerd in de nacht van de 16e op 17 juli, werden de tsarina en de kinderen geëvacueerd en in veiligheid gebracht. Pierre Gilliard ging toen naar Yekaterinburg om de keizerlijke kinderen te vinden waarvan iedereen dacht dat ze nog in leven waren.
Vervolgens werd door onderzoeksrechters en door de officieren van de generaal een onderzoek geopend om de Romanov-kinderen te vinden waarvan iedereen dacht dat ze in de Perm- regio gevangen zaten. Het is ook in deze tijd dat veel bedriegers beweren de Romanov-kinderen te zijn. Bij zijn aankomst in Yekaterinburg in augustus 1918 bezocht Gilliard Villa Ipatiev, de laatste gevangenis van de Romanovs:
“Ik ging met een intense emotie de kamer binnen die misschien (ik twijfelde nog steeds) de plaats van hun dood was geweest. Het aspect was onheilspellend onuitsprekelijk. De muren en de vloer vertoonden talloze sporen van kogels en bajonetwonden. Men begreep op het eerste gezicht dat daar een gruwelijke misdaad was gepleegd en dat er verschillende mensen waren omgekomen. Maar wie? Hoe veel?”
Hij was overtuigd van de dood van de ex-tsaar en de ex-tsarina, maar hij kon niet geloven dat de kinderen ook geëxecuteerd waren. Maar de kinderen? De kinderen? Heb je ze ook afgeslacht? Ik kon het niet geloven. Mijn hele wezen kwam in opstand bij dit idee. Na enkele maanden onderzoek, Tjoemen. In januari 1919, trad hij in dienst van generaal Janin waar hij de officiële onderzoeker Nikolai Sokolov ontmoette.
“Vanaf onze eerste ontmoeting begreep ik dat zijn veroordeling was uitgesproken en dat hij geen hoop meer had. Voor mij kon ik niet geloven in zo’n horror. De kinderen ondergingen hetzelfde lot als hun ouders, er bestaat voor mij geen twijfel over’, legde Sokolov hem uit. Kort daarna neemt de rechter de verklaring op van een van de moordenaars, Paul Medviedev, die in Perm gevangen zit. Vervolgens geeft hij toe dat alle leden van de familie van Nicolas Romanov zijn geëxecuteerd, evenals dokter Botkin en drie bedienden, in de kelder van de Ipatiev-villa in de nacht van 16 op 17 juli 1918. Maar hij wist niet wat er van de lichamen was geworden. Sokolov had toen een heel precies idee van het verloop van het bloedbad. Vervolgens doet hij onderzoek met verschillende soldaten op de open plek genaamd de “Four Brothers”, met name in de in onbruikbare schacht van een oude mijn. De plaats had ooit gediend als executieplaats voor de bolsjewieken, ze vonden toen honderden lijken, maar geen enkel lichaam kwam overeen met een van de slachtoffers van de Ipatiev-villa.
Pierre Gilliard neemt de conclusies van Sokolov over in zijn boek. 4 juli 1918, nam commissaris Yakov Yurovsky het bevel over de Ipatiev – villa . Hij nam tien mannen mee, die de leiding zullen hebben over de executie. Een paar dagen lang reed hij te paard door het gebied om een veilige plek te vinden om de lichamen op te ruimen. 16 juli 1918 ’s Avonds kocht Yurovski pistolen voor zijn mannen. Na middernacht vroeg hij de Romanovs en hun volgelingen (Yevgeny Botkin, Anna Demidova, Ivan Kharitonov en Alois Trupp) zich voor te bereiden om naar een veiliger plek te worden overgebracht. Iedereen ging de binnentrap af naar de kelder. De ex-tsaar droeg zijn zoon in zijn armen. Er waren twee stoelen, waar de tsaar en tsarina zaten, Aleksej zat op zijn vaders schoot, de groothertoginnen en hun bedienden stonden naast het tsarenpaar. Yurovski, die deed alsof hij een camera ging halen om hun goede gezondheid aan Moskou te bewijzen, ging met zijn handlangers de laatste details van het bloedbad regelen. Toen opende hij de dubbele deur waar de gevangenen waren. Voor de deur, de twaalf mannen stonden in drie rijen opgesteld. Buiten startte de vrachtwagenchauffeur de motor om het geluid van de explosies te overstemmen. Op de eerste rij van de moordenaars haalde Yurovsky een krant tevoorschijn en begon die snel te lezen:
‘Omdat je ouders hun offensief tegen Sovjet-Rusland voortzetten, heeft het uitvoerend comité van de Ural heeft het bevel genomen om je neer te schieten.’
De schietpartij brak onmiddellijk uit, in de meest absolute wanorde. Van revolutionaire voorrang was geen sprake meer: de meeste beulen richtten zich op de tsaar. Door de schok van de vele inslagen viel hij achterover en stortte hij ter plekke dood in elkaar. Alexandra en de groothertogin Olga hadden amper tijd om een kruisteken te maken ook zij vielen, samen met Troupp en Kharitonov. Het bloedbad nam al snel een Danteske wending. In de rook van het buskruit dat de kamer vulde, toonde de op de grond ingestorte tsarevitsj volgens Yurovski een “vreemde vitaliteit”: hij kroop over de grond en beschermde zijn hoofd met zijn hand. Nikouline, onhandig of te boos, leegde een tijdschrift op hem zonder hem te doden. Yurovsky moest hem afmaken met twee kogels in het hoofd. Het lot van de Groothertoginnen was nog gruwelijker: de projectielen ketsten af van hun korsetten waar ze juwelen en edelstenen hadden genaaid om ze voor de bewakers te verbergen. Yurovski zal later zeggen dat ze “gepantserd” waren (dit detail, dat ooit bekend was, voedde de geruchten van de overlevenden omdat de juwelen waren gebruikt als kogelvrije vesten, en ook die van een fantastische schat). Het duurde ook heel lang voordat Anna Demidova stierf. De moordenaars maakten hun wapens leeg, maar dat was niet genoeg, drie van de Groothertoginnen leefden nog. Volgens zijn getuigenis haalde Kabanov een mesvormige bajonet uit een Winchester om ze af te maken. Anderen imiteerden hem. De bloedende lichamen werden per vrachtwagen naar een open plek in de buurt van het dorp Koptiaki gebracht. Ze werden besprenkeld met zwavelzuur,
In 1990 werden de lichamen van de tsaar, tsarina en drie van hun dochters (Olga, Tatiana en Maria) gevonden. De lichamen van Groothertogin Anastasia en Tsarevich Aleksej werden later in juli 2007 gevonden. DNA-analyses bevestigden dat het inderdaad om de overblijfselen van de tsarenfamilie ging. Een paar jaar eerder deden veel vrouwen zich voor als groothertogin Anastasia, waaronder een Poolse, Franziska Schanzkowa (beter bekend als Anna Anderson ). Uit DNA-analyses die in 1994 werden uitgevoerd, bleek dat zij inderdaad niet groothertogin Anastasia was. Precies zoals Gilliard had laten zien in zijn boek The False Anastasia, gepubliceerd in 1929. Een verhaal over trouw dat hem duur zal komen te staan, aangezien het onmogelijk is om tegen een mythe te vechten:
“We laten ons altijd uitbuiten het gedoe, de zorgen, het geld dat het me kost voor mensen die mij uitlachen, dat is de blunder van mijn leven. Het is ons Don Quichotisme dat ons al deze problemen bezorgt.”
17 juli 1998, tachtig jaar na hun dood, hadden de Romanovs recht op een officiële begrafenis en werden ze begraven in de Peter en Paul-kathedraal in Sint-Petersburg. Nicolaas II en zijn hele familie werden heilig verklaard Augustus 2000 door de Orthodoxe Kerk, die hen als martelaren beschouwt.