Op 4 september 1918 werden Anastasia Hendrikova en Ekaterina Schneider uit hun cel gehaald en samen met Aleksei Volkov, een zestigjarige bediende in het huishouden van de tsaar, naar het gevangeniskantoor gebracht. Ze werden vergezeld door acht andere gevangenen, waaronder een dienstmeid uit het huis waar groothertog Michael Alexandrovich van Rusland woonde. Ze werden vergezeld door tweeëntwintig bewakers, van wie geen enkele Rus was.
Aleksei Volkov, die later ontsnapte, herinnerde zich dat toen hij een bewaker vroeg waar ze naartoe werden gebracht, hij antwoordde dat ze ‘naar het huis van arrestatie’ werden gebracht. Anastasia, die in de badkamer was, stelde dezelfde vraag aan een bewaker toen ze naar buiten kwam. Ze kreeg te horen dat ze “naar de centrale gevangenis” werden gebracht. Anastasia vroeg hem:
“En vanaf daar?”
De bewaker antwoordde:
“Nou! Naar Moskou.”
Anastasia herhaalde dit gesprek met haar medegevangenen en maakte een kruis met haar vingers. Aleksei Volkov dacht dat haar gebaar betekende:
“We zullen niet worden neergeschoten”.
De bewaker bij de deur van het gevangeniskantoor controleerde voortdurend de voordeur die naar de straat leidde om er zeker van te zijn dat er niemand was. Na een tijdje zei een andere bewaker:
“Laten we gaan.”
Ze stelden de gevangenen in twee rijen op straat op, de mannen vooraan en de vrouwen achteraan. De gevangenen liepen naar de rand van de stad, op de weg naar Ulyanovsk. Aleksei Volkov vroeg een andere gevangene waar de hoofdgevangenis was en hem werd verteld dat ze die al waren gepasseerd. Aleksei Volkov realiseerde zich dat ze naar het bos werden gebracht om te worden neergeschoten. Toen verliet hij de groep en begon te rennen. Een kogel miste ternauwernood zijn oor. Achter hem hoorde hij geweerschoten terwijl de andere gevangenen in de groep, waaronder Anastasia, werden neergeschoten en gedood.
De lichamen van Anastasia Hendrikova en Ekaterina Schneider werden in mei 1919 door het Witte Leger geborgen en begraven op de Yegoshikha-begraafplaats. Hun graven werden echter vernietigd toen de bolsjewieken de controle over de stad herwonnen.
In oktober 2012 werd op initiatief van de parochianen van verschillende Perm-kerken een kruis opgericht op de plaats waar de graven zich bevonden.