In de nacht van 16 juli op 17 juli 1918 Rond middernacht maakt Yakov Mikhailovich Yurovski Eugene Botkin wakker. Vervolgens werden de leden van de keizerlijke familie op hun beurt door de dokter uit hun slaap gewekt. De opperbevelhebber Yakov Mikhailovich Yurovsky vertelt hen, om de argwaan van de gevangenen niet te wekken, dat het Witte Leger Jekaterinenburg nadert, voor hun veiligheid is het beter voor hen om de kelder van het Ipatiev-huis in te gaan. De gevangenen dalen de trap af, voorop, Nicolaas II van Rusland met de tsarevitsj in zijn armen, dan komen tsarina Aleksandra Fjodorovna, haar dochters, dokter Eugene Botkin, de hofdame Anna Demidova, de kameheer Aleksey Egorovich Trupp en de kok Ivan Charitonov. Aangekomen in de kelde vraagt de keizerin om te gaan zitten, de Rode Garde brengt twee stoelen mee, op de ene zit de tsaar met zijn zoon, op de andere neemt de tsarina haar plaats in. Yakov Mikhailovtch Yurovsky beval de andere slachtoffers om achter het keizerlijke paar te staan. De opperbevelhebber zou een paar jaar later zeggen:
‘Aleksei en drie van zijn zussen, de hofdame en Botkin ademen nog steeds. Wij zijn verplicht ze af te maken”
Veertig minuten later, na een verschrikkelijk bloedbad, waren de gevangenen allemaal vermoord. Eugene Botkin raakte gewond door twee revolverkogels in de buik, waarvan er één in de wervels zat lumbaal (onder in zijn rug), de tweede in het bekken. Een derde kogel afgevuurd door de Rode Garde raakte zijn benen en verbrijzelde de knieschijven en beenbeenderen. Een vierde kogel (zeker de genadeslag) werd rechtstreeks in het voorhoofd afgevuurd.
Rond drie uur ’s ochtends reed de vrachtwagen vol met de lichamen van de slachtoffers de weg naar het Koptiaki-bos. Nadat ze waren uitgekleed, werden ze in de diepte van een mijnschacht gegooid.
