In het jaar 1891 trouwde Eugene Botkin met Olga Vladimirovna Manuilova.
Eugene en Olga kregen samen vijf kinderen:
- Serioja
- Dmitri
- Yuri
- Tatiana
- Gleb
Zijn oudste kind, Serioja overleed toen die zes maanden oud was.
Zijn zoon Dmitri overleed tijdens de Eerste Wereldoorlog en Yuri werd tijdens de Tweede Wereldoorlog vermoord.
Eugene werd net als zijn vader benoemd tot arts van de keizerlijke tsaren familie. Door zijn nieuwe functie was hij meer in het paleis dan thuis bij zijn gezin. Doordat Eugene veel weg was begon zijn vrouw een affaire met de Duitse leraar van hun kinderen, Friedrich Lichinger.
In het jaar 1911 gingen Eugene en Olga uit elkaar. Hun kinderen kozen er voor om bij hun vader te blijven. De tsaar behield zijn vertrouwen en zijn verantwoordelijkheid in zijn arts.