De regionale Sovjet van de Oeral kwam tijdens een bijeenkomst op 29 juni overeen dat de hele familie Romanov moest worden geëxecuteerd. Filipp Goloshchyokin arriveerde op 3 juli in Moskou als vertegenwoordiger van de Sovjet met een bericht waarin hij aandrong op de executie van de tsaar. Slechts zeven van de 23 leden van het Centraal Uitvoerend Comité waren aanwezig, drie van hen waren Lenin, Sverdlov en Felix Dzerzjinski waren. Ze kwamen overeen dat het presidium van de regionale Sovjet van de Oeral onder Beloborodov en Goloshchyokin de praktische details voor de executie van het gezin zou organiseren en de precieze dag zou beslissen waarop deze zou plaatsvinden wanneer de militaire situatie dit dicteerde, en contact zou opnemen met Moskou voor definitieve goedkeuring.
De moord op de vrouw en kinderen van de tsaar werd ook besproken, maar werd staatsgeheim gehouden om politieke repercussies te voorkomen; De Duitse ambassadeur Wilhelm von Mirbach deed herhaaldelijk navraag bij de bolsjewieken over het welzijn van het gezin. Een andere diplomaat, de Britse consul Thomas Preston, die in de buurt van het Ipatiev-huis woonde, werd vaak onder druk gezet door Pierre Gilliard, Sydney Gibbes en prins Vasily Dolgorukov om de Romanovs te helpen; Dolgorukov smokkelde bankbiljetten uit zijn gevangeniscel voordat hij werd vermoord door Grigory Nikulin, de assistent van Yurovsky. Prestons verzoeken om toegang tot het gezin te krijgen werden consequent afgewezen. Goloshchyokin rapporteerde op 12 juli aan Jekaterinenburg met een samenvatting van zijn gesprek over de Romanovs met Moskou, samen met instructies dat niets met betrekking tot hun dood rechtstreeks aan Lenin mocht worden meegedeeld.
Op 14 juli was Yurovsky bezig met het afronden van de bergingslocatie en de manier waarop zoveel mogelijk bewijsmateriaal tegelijkertijd kon worden vernietigd. Hij had regelmatig overleg met Peter Ermakov, die de leiding had over de opruimingsploeg en beweerde het afgelegen platteland te kennen. Yurovsky wilde het gezin en de bedienden verzamelen in een kleine, besloten ruimte waaruit ze niet konden ontsnappen. De voor dit doel gekozen kelderkamer had een getralied raam dat dichtgespijkerd was om het geluid van schieten en in geval van geschreeuw te dempen. Ze ’s nachts neerschieten en steken terwijl ze sliepen, of ze in het bos doden en ze vervolgens in de Iset-vijver dumpen met brokken metaal die op hun lichaam waren verzwaard, waren uitgesloten. Het plan van Yurovsky was om alle elf gevangenen tegelijkertijd efficiënt te executeren, hoewel hij er ook rekening mee hield dat hij moest voorkomen dat de betrokkenen de vrouwen zouden verkrachten of de lichamen zouden doorzoeken op juwelen. Nadat hij eerder enkele sieraden in beslag had genomen, vermoedde hij dat er meer in hun kleding verborgen zat; De lichamen werden uitgekleed om de rest te bemachtigen (dit was, samen met de verminkingen, bedoeld om te voorkomen dat onderzoekers ze zouden identificeren).
Op 16 juli werd Yurovsky door de Oeral-Sovjets geïnformeerd dat contingenten van het Rode Leger zich in alle richtingen terugtrokken en dat de executies niet langer konden worden uitgesteld. Een gecodeerd telegram waarin om definitieve goedkeuring werd verzocht, werd rond 18.00 uur door Goloshchyokin en Georgy Safarov naar Lenin in Moskou gestuurd. Er is geen documentair verslag van een antwoord uit Moskou, hoewel Yurovsky volhield dat Goloshchyokin hem rond 19.00 uur een bevel van de CEC had gegeven om door te gaan. Deze bewering kwam overeen met die van een voormalige bewaker van het Kremlin, Aleksej Akimov, die eind jaren zestig verklaarde dat Sverdlov hem de opdracht had gegeven een telegram te sturen waarin de goedkeuring van het ‘proces’ door de CEC werd bevestigd (code voor executie), maar eiste dat beide het schriftelijke formulier en de tickertape worden onmiddellijk na verzending van het bericht aan hem teruggestuurd. Om 20.00 uur stuurde Yurovsky zijn chauffeur om een vrachtwagen te kopen voor het vervoer van de lichamen, samen met rollen canvas om ze in te wikkelen. Het was de bedoeling om deze dicht bij de ingang van de kelder te parkeren, met draaiende motor, om de slachtoffers te maskeren. geluid van geweerschoten. Yurovsky en Pavel Medvedev verzamelden 14 pistolen om die nacht te gebruiken: twee Browning-pistolen (een M1900 en een M1906), twee Colt M1911 -pistolen, twee Mauser C96’s, een Smith & Wesson en zeven Nagants van Belgische makelij. De Nagant opereerde op oud zwart buskruit dat veel rook en dampen produceerde; rookloos poeder werd nog maar net ingevoerd.
In het kantoor van de commandant wees Yurovsky slachtoffers aan elke moordenaar toe voordat hij de pistolen uitdeelde. Hij nam een Mauser en Colt mee terwijl Ermakov zichzelf bewapende met drie Nagants, een Mauser en een bajonet; hij was de enige die de opdracht kreeg om twee gevangenen (Alexandra en Botkin) te vermoorden. Yurovsky droeg zijn mannen op om “recht in het hart te schieten om een overmatige hoeveelheid bloed te vermijden en er snel overheen te komen.” Ten minste twee van de Letten, een Oostenrijks-Hongaarse krijgsgevangene genaamd Andras Verhas en Adolf Lepa, zelf verantwoordelijk voor het Lett-contingent, weigerden de vrouwen neer te schieten. Yurovsky stuurde ze naar het Popovhuis omdat ze “op dat belangrijke moment in hun revolutionaire plicht” hadden gefaald. Noch Yurovsky, noch een van de moordenaars ging in op de logistiek van hoe ze elf lichamen efficiënt konden vernietigen. Hij stond onder druk om ervoor te zorgen dat er later geen stoffelijke resten zouden worden gevonden door monarchisten die ze zouden uitbuiten om anticommunistische steun te verwerven.