Op 25 april om 3 uur ’s ochtends verlieten de drie Romanovs, hun gevolg en de escorte van Yakovlevs detachement Tobolsk in een konvooi van negentien tarantasses (vierwielige rijtuigen), aangezien de rivier nog gedeeltelijk bevroren was, waardoor de veerboot niet kon worden gebruikt. Na een zware reis met twee overnachtingen, het doorwaden van rivieren, veelvuldig wisselen van paarden en een verijdeld complot van de Rode Garde van Jekaterinenburg om de gevangenen te ontvoeren en te vermoorden, arriveerde het gezelschap in Tyumen en stapte aan boord van een gevorderde trein. Yakovlev kon veilig met Moskou communiceren door middel van een teleprinter van Hughes en kreeg toestemming om hun bestemming te wijzigen naar Omsk, waar men dacht dat de leiding de Romanovs minder snel kwaad zou doen. In de vroege ochtend van 28 april verliet de trein Tyumen en vertrok richting Jekaterinenburg, maar veranderde snel van richting richting Omsk. Dit bracht de leiders van Jekaterinenburg ertoe te geloven dat Jakovlev een verrader was die Nicolaas via Vladivostok in ballingschap probeerde te brengen; Er werden telegraafberichten verzonden, tweeduizend gewapende mannen werden gemobiliseerd en er werd een trein gestuurd om Jakovlev en de Romanovs te arresteren. De trein van de Romanovs werd gestopt op het station van Omsk en na een verwoede telefoongesprekken met Moskou werd overeengekomen dat ze naar Jekaterinenburg zouden gaan in ruil voor een garantie van veiligheid voor de keizerlijke familie; uiteindelijk kwamen ze daar op de ochtend van 30 april aan.
Ze werden opgesloten in het twee verdiepingen tellende Ipatiev-huis, het huis van de militair ingenieur Nikolaj Nikolajevitsj Ipatiev, dat onheilspellend het “huis voor speciale doeleinden” werd genoemd. Hier werden de Romanovs onder nog strengere omstandigheden vastgehouden; hun gevolg werd verder verminderd en hun bezittingen werden doorzocht. Na beschuldigingen van diefstal door het koninklijk huis werd Yakov Yurovsky, een voormalig lid van de geheime politie van Cheka, aangesteld om het bevel te voeren over het wachtdetachement, van wie een aantal werd vervangen door vertrouwde Letse leden van het “speciale dienstdetachement” van Jekaterinenburg. “. De overgebleven Romanovs verlieten Tobolsk op 20 mei per rivierstoomboot en kwamen drie dagen later aan in Jekaterinenburg. In de eerste weken van juni raakten de bolsjewieken gealarmeerd door de opstand van het Tsjechoslowaakse Legioen, wiens troepen de stad vanuit het oosten naderden. Dit leidde tot een golf van executies en moorden op degenen in de regio waarvan werd aangenomen dat ze contrarevolutionairen waren, waaronder groothertog Michael, die op 13 juni in Perm werd vermoord.
Hoewel de bolsjewistische leiding in Moskou nog steeds van plan was Nicolaas voor het gerecht te brengen, begonnen Leon Trotski en Yakov Sverdlov, naarmate de militaire situatie verslechterde, publiekelijk te twijfelen aan het mogelijke lot van de voormalige tsaar. Op 16 juli informeerde de leiding van Jekaterinenburg Yurovsky dat er besloten was om de Romanovs te executeren zodra de goedkeuring vanuit Moskou arriveerde, omdat werd verwacht dat de Tsjechen de stad op korte termijn zouden bereiken. Een gecodeerd telegram arriveerde die avond vanuit Jekaterinenburg in Moskou; nadat Lenin en Sverdlov hadden overlegd, werd een antwoord gestuurd, hoewel er nooit een spoor van dat document is gevonden. Intussen had Yurovsky zijn vuurpeloton samengesteld en wachtten ze de hele nacht in het Ipatiev-huis op het signaal om in actie te komen.