De leden van Kerenski ’s voorlopige regering gaven de leden van de keizerlijke suite de keuze om de keizerlijke familie in ballingschap te verlaten of te vergezellen. Dokter Botkin probeerde het hoofd van de voorlopige regering ertoe te bewegen zijn besluit terug te draaien. Hij pleitte voor ballingschap op de Krim vanwege de slechte gezondheid van de keizerin en de tsarevitsj. In de nacht van 31 juli1 augustus 1917 werden de familie Romanov en een paar mensen van hun personeel met een trein die hen naar Tyumen bracht. Aangekomen op het station stelden de bolsjewieken opnieuw aan de verschillende leden die de keizerlijke familie vergezelden voor om hen te verlaten, maar dokter Eugene Botkin weigerde.
Dokter Eugene Botkin opende een medische praktijk in Tobolsk voor de inwoners van dit kleine stadje in de Oeral. Tijdens zijn gevangenschap in dit kleine stadje in Siberië stormde de dokter binnen om een betere levensstijl voor de gevangenen, rijker voedsel, het recht voor gevangenen op een dagelijkse wandeling in de tuin van het huis van de gouverneur, een betere behandeling en een betere behandeling van de bewakers te verkrijgen. Omdat hij zijn kinderen bij zich had, was de gevangenschap in Tobolsk voor de dokter relatief draaglijk.
In Tobolsk was het leven georganiseerd, Nicolaas II van Rusland en zijn vrouw, hun metgezellen in gevangenschap, deelden de opvoeding van de keizerlijke kinderen. Dokter Eugene Botkin kreeg de leiding over het onderwijzen van de Russische taal. Wat zijn zoon, Gleb Evgenievich Botkin, betreft, hij tekende en schreef verhalen voor de kinderen van het keizerlijke echtpaar. De zoon van de dokter speelde een van zijn verhalen tijdens een revolutie en vertelde het verhaal van een afgezette heerser die worstelde om zijn troon terug te winnen.
In 1917 verbood de bolsjewieken dokter Eugene Botkin om deel te nemen aan de jaarlijkse bijeenkomst van oud-studenten van de Militaire Medische Academie in Sint-Petersburg. Bij het onderzoeken van de foto die voor deze gelegenheid was gemaakt, merkte de dokter de afwezigheid op van drie mensen; twee van hen waren overleden, de derde betrof de dokter die naar Tobolsk was verbannen. Hij richtte zich tot zijn zoon en zei: ‘Hoe vreemd, ben ik al dood? In april 1918, kondigden de bolsjewieken aan de gevangenen hun vertrek naar een onbekende bestemming aan. Een paar dagen eerder had Alexei Nikolajevitsj van Rusland zijn been geblesseerd tijdens een partijtje sleeën op de trappen van het huis van de gouverneur. Hij kon niet meer lopen en moest in bed blijven, zijn drie zussen Olga, Tatiana en Anastasia bleven bij hem.
26 april 1918, onder toezicht van Constantin Iakovlev (Konstantin Stoyanovitch Miatchine) Nicolaas II van Rusland, zijn vrouw Aleksandra Fyodorovna, hun dochter Maria Nikolaevna van Rusland, de bediende van de tsaar Chemodorov, de hofdame Anna Stepanovna Demidova, de kamerheer Alekseï Sednev bekend als Lyochka, prins Vasili Dolgorukov, bekend als Valia, en dokter Eugene Botkin namen hun plaats in op telègues (Russische paardenkoets). Na een slopende reis van 300 kilometer in modder en smeltende sneeuw kwamen de gevangenen vanuit Tyumen op het station aan. stapte in de trein naar Jekaterinenburg, naar het Ipatiev-huis, in een huis vlakbij dat van de gouverneur van Tobolsk, was een jong meisje getuige van het vertrek van haar vader, Tatiana Evgenieva Botkina zal haar vader nooit meer zien. De dokter merkt de aanwezigheid van zijn dochter op, zal haar zijn zegen verlenen en haar kussen. Tijdens zijn reis van Tobolsk naar Jekaterinenburg leed dokter Eugene Botkin aan leverkoliek als gevolg van hobbels op de weg die de beweging van lithiasis naar het galkanaal veroorzaakten. Tijdens deze reis was Eugene Botkin, net als de andere gevangenen, overtuigd van hun vertrek naar Moskou om uiteindelijk Engeland te bereiken. Vol vertrouwen stuurde de huisarts een brief naar zijn kinderen waarin hij hen verzekerde dat ze binnenkort allemaal herenigd zouden worden in Groot-Brittannië. Dit vertrouwen werd aangemoedigd door Konstantin Jakovlev, die hen vertelde dat de tsaar voor een rechtbank in Moskou zou worden gedaagd en uit Rusland zou worden verdreven.
Zodra ze op het station van Jekaterinenburg aankwamen, mochten een aantal gevangenen niet meer in de buurt van de keizerlijke familie zijn: de Zwitser Pierre Gilliard, gravin Sophie Buxhoeveden en Charles Sidney Gibbes, moesten terug in de trein naar Tyumen. Wat prins Vasily Dolgorukov betreft, hij werd gearresteerd op het station van Jekaterinenburg en overgebracht naar Moskou. Volgens het verslag van de heer Michail Medvedev, zoon van de Chekist Michail Medvedev (echte naam Kudrin):
“Dolgorukov werd geëxecuteerd door een jonge Chekist genaamd Grigori Nikulin. Het was Nikulin zelf die mij dit vertelde. De details herinner ik me niet meer, ik weet alleen dat hij Dolgorukov en zijn koffers ergens in een rustig hoekje meenam… Zelfs dat hij Dolgorukov vervloekte, toen hij zijn koffers terug naar huis moest sjouwen! .. “
Gleb Evgenevich Botkin en zijn zus vonden onderdak in Tobolsk, hun vader stuurde hen twee brieven waarin de dokter het leven van de gevangenen in het Ipatiev-huis beschreef. Volgens Gleb Evgenevich Botkin beschreef zijn vader moeilijke detentieomstandigheden voor de gevangenen, vooral voor de keizerlijke familie die voortdurend aan vernedering werd onderworpen.
Tijdens zijn gedwongen detentie bracht dokter Eugene Botkin zijn avonden door met gesprekken met het keizerlijke echtpaar. De zeeman Klementi Nagorny werd ontslagen door de bolsjewieken, de dokter verving de zeeman bij de Tsarevich, toen de noodzaak zich voordeed, sliep hij in de kamer van de zieke jongeman. Op 23 juni 1918 werd dokter Eugene Botkin opnieuw getroffen door gewelddadige en pijnlijke leverkoliek, zijn gezondheidstoestand bleek zo ernstig dat het nodig was zijn toevlucht te nemen tot morfine, vijf dagen lang bleef Aleksandra Fyodorovna aan het bed.