Pierre Gilliard bleef, na de moord op de tsarenfamilie, in Siberië waar hij een tijdlang de onderzoeker van de Witte Beweging, Nicholas Sokolov, assisteerde.
In het jaar 1919 trouwde Pierre met Alexandra “Shura” Tegleva, die gouvernante was geweest van groothertogin Anastasia Nikolajevna van Rusland. In Siberië speelde hij een belangrijke rol bij het ontmaskeren van een bedrieger die beweerde de tsarevitsj Aleksej te zijn.
Meer dan een jaar was Pierre Gilliard in dienst van generaal Maurice Janin, de commandant van de Franse militaire missie tijdens de Russische Burgeroorlog, tot begin november 1919 toen hij samen met duizenden anderen, onder wie ministers en regeringsfunctionarissen van het oude regime, vluchtte naar Omsk en ging in oostelijke richting over de Trans-Siberische spoorlijn. Na een reis van zes maanden kwam hij begin april 1920 aan in Vladivostok. Vervolgens nam hij een Amerikaans schip naar San Francisco en reisde van daaruit per schip langs de Pacifische kust, door het Panamakanaal, over de Atlantische Oceaan en de Middellandse Zee. naar Triëst. Hij reisde door Italië naar Zwitserland en bereikte in augustus 1920 het huis van zijn ouders in Fiez, dat hij 16 jaar eerder had verlaten.
Hij werd professor Frans aan de Universiteit van Lausanne en ontving het Franse Legioen van Eer. In 1921 publiceerde hij een boek met de titel Le Tragique Destin de Nicholas II et de sa famille, waarin de laatste dagen van de tsaar en zijn familie werden beschreven, en het daaropvolgende onderzoek naar hun dood.